为了提升人才培养质量，提高学生综合素质，开拓学生视野和国际联系，南方医科大学心理学系与加拿大西三一大学以及台湾中山医学大学分别展开合作办学。

加拿大西三一大学

2016年9月26日下午，南方医科大学与加拿大西三一大学（Trinity Western University与签订校际学术交流合作框架协议，这为南方医科大学心理学系与加拿大西三一大学心理咨询硕士课程（Master of Arts Counselling Psychology）的全面合作奠定良好基础。双方拟在两校签订的合作框架协议下，逐步开展学生交流计划、“4+2”本升硕联合办学计划、课程共建计划、教师交流计划和心理咨询师督导培训长期项目方面的合作。双方的合作将有助于心理学系提高心理咨询临床教学的国际化水平，增强科研的国际合作，扩展学生的国际视野。

台湾中山医学大学

南方医科大学与台湾中山医学大学于2013年签署《合作备忘录》与《交换生协议》。南方医科大学心理学系与台湾中山医学大学心理学系在此合作框架下开展了本科生交流计划。从2013年至2016年，已累计派出7名学生赴台湾中山医学大学学习交流。