南方医科大学心理学系其前身为第一军医大学心理学教研室，2004年跟随第一军医大学整体转制，2005年发展为南方医科大学心理学系，2010年在学系的基础上整合校内各方资源成立南方医科大学心理学系。

心理学系现有专职教师15人，兼职教师14人，其中教授11人，研究员1人，主任医师2人，副高职称5人，博士生导师6人。所有人员均为硕士以上学历，博士13名。

在教学方面，经过多年来的建设，形成了全日制学历教育、双学位、轮训等多种培训形式，培养从本科到硕士、博士各个层次的高级心理学人才。自2004年起开设四年制应用心理学本科专业，授予理学学士学位；2008年起开设五年制临床医学（临床心理学）本科专业，授予医学学士学位；2017年起开设五年制精神医学本科专业，授予医学学士学位。2000年起开始招收应用心理学硕士研究生， 自2009年起自主设置心理卫生学目录外博士学位二级学科，学制3年，包含心理健康、心理咨询与治疗两个研究方向，授予医学学位；2014年起开始招收博士后研究人员。自2018年开始成为心理学硕士学位授权一级学科点，包含临床与咨询心理学、认知神经科学、生物心理学三个研究方向；同年还成为应用心理硕士专业学位授权点，包含临床与咨询、心理健康诊断与评估两个研究方向。

在科研方面，以心理卫生为主导方向，形成了基础与应用研究并重的良好科研格局，逐步形成了心理健康与疾病的神经机制研究、心理健康的评估、筛查及干预研究、特殊人群心理卫生研究三大心理卫生特色研究领域，获得国家自然科学基金、国家社会科学基金等项目，发表SCI论文多篇。  

在社会服务方面，多年来长期开展各种人群的心理健康教育与心理咨询服务，通过热线电话、面谈咨询、信函咨询、现场咨询、心理讲座等多种形式为企业员工、大学生和社会民众解决人际交往、情绪障碍、婚恋家庭等各种心理问题，促进人格完善和心理健康水平的提高，并且提供精神疾病的早期鉴别与治疗。